Na obeh straneh glavne ladje sta simetrično postavljena dva stranska oltarja: desno je oltar Marije dobrega sveta (22), levo pa oltar sv. Mihaela (24). Pred oltarjema so običajno rdeče oblazinjene klopi, namenjene molitvi.
Stranski oltar na levi strani je oltar sv. Mihaela (24)
Po obliki in razporeditvi je podoben oltarju Marije dobrega sveta. Izdelal ga je rezbar Matija Tomc (1856–1859). Pavel Künl je na veliki sliki upodobil nadangela Mihaela, ki premaga satana (1857), kar simbolizira zmago dobrega nad zlim.
V manjšem okvirju je slika sv. Alojzija Gonzage (Wolf, 1886), ki jo zamenjujejo z drugimi, kot je slika sv. Lucije(1857), Žalostna mati božja (Pavel Künl, okoli 1857), ali slika sv. Ane, ki uči Marijo brati (Pavel Künl, 1857). Na oltarju so večji kipi sv. Antona Puščavnika in sv. Rozalije (Franc Ksaver Zajec, 1871) ter manjši kipi sv. Ignacija Lojolskega in sv. Frančiška Ksaverija (neznani kipar iz druge polovice 19. stoletja).
Sv. Mihael je ime iz Svetega pisma, ki pomeni “kdo je kakor Bog.” Kot eden od treh glavnih angelov je znan kot zmagovalec nad satanom, spremljevalec duš na onem svetu in tehtalec duš. Goduje 29. septembra in velja za zavetnika katoliške cerkve ter pomaga v hudih preizkušnjah.
Sv. Ana, mati Device Marije in babica Jezusa Kristusa, se v Svetem pismu ne omenja, ampak je znana iz apokrifne literature. Goduje 26. julija in je zavetnica mater, babic, nosečnic, otrok in rudarjev. Pogosto jo upodabljajo z Marijo kot otrokom, kar poudarja pomen družine in vere.
Sv. Lucija (Lucia) je bila premožna mlada krščanska mučenka, čaščena tako v katoliški kot pravoslavni tradiciji. Njen god praznujemo 13. decembra, ko je, po starem julijanskem koledarju, najdaljša noč v letu. Ime prihaja iz latinske besede »lux« (luč, svetloba), zato je tudi zavetnica slepih in slabovidnih.
Ignacij Lojolski, ustanovitelj jezuitov, ima ime, ki izhaja iz latinskega »Ignatius«. Pomen imena ni natančno znan, vendar ga ljudska etimologija povezuje z latinsko besedo »ignis« (ogenj). Goduje 31. julija in velja za svetnika vztrajnosti.
Frančišek Ksaverij, jezuit in misijonar iz 16. stoletja, je prvi zavetnik misijonskega dela. Goduje 3. decembra. Njegovo ime izhaja iz latinskega »Franciscus« (Frankovski), kar pomeni, da je povezan s Franki. Je svetnik poguma v pričevanju.
Anton Puščavnik, znan po zmagi nad zlim duhom, je puščavnik iz Tebaide v Egiptu, ki je živel od leta 250 do 356. Velja za ustanovitelja meniškega življenja in je bil imenovan »božji apostol«. Goduje 17. januarja in velja za zavetnika domačih živali ter priprošnjika za marljivost.
Rozalija Puščavnica iz Sicilije je znana kot zavetnica pred kugo. Ime izvira iz latinskega »rosa« (roža). Umrla je leta 1160. Goduje 4. septembra.
Ob stranskih oltarjih sta spovednici (21) z velikimi belimi vrati, za katera se zdi, da so del stene. Krasi jih pozlačen križ, ki zapolnjuje celotno nišo stranskega oboka.
Na obeh južnih stenah stranskih ladij se nahajata sliki Marije z detetom. V zahodni stranski ladji je slika delo patra Marka I. Rupnika (23), v vzhodni pa delo matere uršulinke Pije Galantin (25).
Marija Pomočnica, do 1948, Pija Galantin
Marija Pomočnica simbolizira materinsko varnost in zaščito. Tako kot vsaka mati, ki je svojemu otroku največja opora, tudi Marija Pomočnica nudi občutek varnosti in zadovoljstva. Otrok se zateče k materi, kadar se boji ali je v zadregi, in tako materinsko skrb Marija Pomočnica predstavlja. V eni od pesmi jo prosimo, naj nas sprejme v svoje srce.
Slika ima bogat reliefno oblikovan lesen okvir s širšim pozlačenim notranjim robom, ki ga je zasnoval Jože Plečnik leta 1948 (25). Upodobljena je Mati Božja v sedečem položaju z Detetom Jezusom v naročju. Temno ozadje in kompozicija v zlatem rezu poudarjata Marijin obraz, ki je obrnjen nekoliko na levo, a neposredno proti gledalcu. Mati nežno drži golega Jezusa, ki se z obrazom naslanja na njeno lice. Jezus se oklepa njenega vratu z levico in jo boža z desnico. Marija je oblečena za 18. stoletje značilno obleko v rdeči, modri in beli barvi, oba pa imata na glavi zlato krono.
Slika je narejena v tehniki jajčne tempere na lesu in je kopija slike Leopolda Layerja iz leta 1800 iz bazilike Marije Pomagaj v Brezjah. Okvir z akantovimi listi, ki ga je zasnoval arhitekt Tone Bitenc (1977), je rezljan in pozlačen. Na Slovenskem imamo več kopij in različic te slike, ki so jih ustvarili različni slikarji.
Originalno sliko je, kot Marijo Pomagaj, leta 1517 v Wittenbergu naslikal Lukas Cranach st.. Kasneje je prišla preko Passaua v Innsbruck, kjer je bila leta 1650 postavljena na oltar stolnice sv. Jakoba. Slika je imela pomembno vlogo med tridesetletno vojno in turškimi napadi, kar ji je prineslo naziv Marija Pomagaj.
Med novimi dragocenostmi cerkve sv. Janeza Krstnika izstopa pozlačeni bronasti križ s podobo križanega Jezusa (Drago Tršar, 1999) (26).
Kip se spušča pred prezbiterijem, vpet pred steklen zaslon v obliki križa, ki s svojo prosojnostjo ne zastira pogleda proti oltarju, ampak ga simbolično dopolnjuje. Kristusova postava je močno podaljšana, z izjemno poudarjeno koščeno formo, kar poudarja njegovo eksistencialno jedro in simbolizira človeško krhkost.
Tršar je Kristusovo telo z iztegnjenimi rokami preoblikoval v križ, njegova sklonjena glava izraža smrtnost in trpljenje. Ob robovih steklenega križa je postavil pet belih ptic, golobov, ki simbolizirajo mir in izvirajo iz zgodnjekrščanske ikonografije. Ob natančnejšem pogledu opazimo, da sta Jezusovi nogi postavljeni vzporedno, kar spominja na njegove upodobitve v obdobju romanike, ko je bil predstavljen kot vladar.