Prezbiterij in apsida sta dvignjena nad cerkveno ladjo in dostopna po treh temnih kamnitih stopnicah. Na stopnicah so običajno trije svečniki(1), okrašeni s shematičnimi podobami vernikov – od živih do mrtvih (Drago Tršar, 1999). V skladu s sodobno cerkveno liturgijo je na osi prezbiterija kamnita daritvena miza (2), ki stoji na štirih nogah, umeščenih na belih ploščah. Desno od nje je minimalistični ambon(3), levo pa krstilnik (Motoh, 1999) (4). Vsi trije elementi spominjajo na kropilnike v preddverju. Ti elementi so namenjeni obredom in oznanjanju božje besede. Ob mizi je še kamnita posoda za cvetje(5), skladna s krožno zasnovo cerkve.
Ob upokojitvi župnika Frana Saleškega Finžgarja leta 1936 so župljani pri Jožetu Plečniku naročili spominsko luč, ki neprekinjeno gori in je znana kot večna luč (6). Večna luč pri tabernaklju simbolizira navzočnost evharističnega Jezusa, ki je v njem vse dni v letu, razen med velikim četrtkom, ko jo po zadnji maši ugasnejo.
Luč nas vselej spomni tudi na Finžgarja in Plečnika. Sprva je visela na verigah, a jo je Plečnik zaradi teže prestavil na tla in postavil na podstavek v obliki kvadra. Luč ima obliko majhne obokane cerkve, podobne njegovi svetilki iz dunajske kripte, in stoji na kovinski plošči s spominskim napisom. Okrašena je z marmornimi ploščicami in barvnimi stekelci, na vrhu pa jo krasi odlitek heraldičnega leva, ki ga je zasnoval njegov učenec Karl Štipl. Dorski stebriček pred kvadrom z obroči in verigami spominja na čas, ko je luč še visela s stropa. Plečnikovo posvetilo je nameščeno na stranici luči.
“V spomin slovesa MCMXXXVI ljubega očeta in pastirja F. S. Finžgarja gori ta luč med vrtovi Krakova in Trnovega pred zaščitnikom našim Janezom Krstnikom in BM vedno Devici troedinemu Bogu v čast.“
Za prvo linijo so na levi strani tri sedilije (7), srednja je višja. Prekrite so z belo laneno vezenino iz idrijskih čipk (Janez Suhadolc, 1999), sedala pa so oblazinjena v rdeči barvi. Osrednji “prestol” izhaja iz osnutka za sedež ob papeževem obisku.
Kamnita krogla na naslonu za roko simbolizira Zemljo, medeninast križ pa duhovnika, ki združuje svet in križ.
Pogled na glavni oltar sv. Janeza Krstnika (8), delo rezbarja Matije Tomca (1856/59), razkriva osrednjo sliko sv. Janeza Krstnika (Valentin Metzinger, 1755) iz prve baročne cerkve.
Ko so sliko prenesli v novo cerkev, so jo morali povečati. To je izvedel slikar Janez Borovski. Leta 1859 je sliko restavriral Janez Wolf. Na sliki Janez Krstnik stoji v Jordanu, oblečen kot puščavnik v živalsko kožo, in krščuje Jezusa, ki kleči na skali. Okoli njiju so na nebu in zemlji biblijska bitja.
Ob cerkvenih praznikih Metzingerjevo sliko zamenjajo z dvema drugima, ki ju je naslikal Matija Koželj: Brezmadežna Marija (1887, izpostavljena od Malega do Velikega šmarna) in Majniška Marija (1901, izpostavljena v maju).
Janez Krstnik – Zadnji starozavezni prerok in Jezusov bratranec, je ljudi v Jordanu krščeval v znamenje spreobrnjenja. Ko je krstil tudi Jezusa, se je nad njim razprlo nebo, zaslišal se je Božji glas in Sveti Duh je sestopil nanj kot golob. S tem se je začelo Jezusovo javno delovanje.
Brezmadežna Marija – Papež Pij IX. je 8. decembra 1854 razglasil Marijino brezmadežno spočetje za versko resnico. Ta odločitev je bila odgovor Cerkve na različne poglede glede Marijine vloge v skrivnosti odrešenja in odrešenjski ekonomiji.
Majniška Marija – V maju se v cerkvi opravlja posebna bogoslužja v čast Mariji, kar imenujemo šmarnice. Maj je zato znan kot Marijin mesec ali cvetnik. Verniki se vsak dan zbirajo ob molitvi in pesmi ter prosijo Marijo za priprošnjo.
Na tem oltarju so postavljeni štirje kipi, ki predstavljajo sv. Florijana, sv. Jožefa, sv. Janeza Evangelista in sv. Nikolaja (Franc Ksaver Zajec, 1871). Kipi so večji in so zasnovani v klasicističnem in realističnem slogu. Razen Florijana imajo vsi bogato nagubane draperije, ki padajo po telesu. Vsak kip ima atribute, ki omogočajo prepoznavanje svetnikov.
Sveti Florijan je upodobljen v vojaški uniformi s čelado. V levici drži gasilsko zastavo, v desnici pa vedrico z vodo za gašenje požarov. Je patron proti požarom in poplavam ter zavetnik gasilcev. Ime Florijan izhaja iz latinščine in pomeni »cvetoč«. Bil je rimski vojščak in mučenec iz Ennsa v času cesarja Dioklecijana. Njegov god je 4. maja.
Sveti Jožef z lilijo je poSvetem pismu mož device Marije, ki je rodila Jezusa. Velja za zaščitnika vseh ročnih delavcev in obrtnikov, je pa tudi priprošnjik za lahko smrt.Jožef je svetopisemsko ime. Pomeni – naj Bog doda. Poznan je Egiptovski Jožef iz Stare zaveze, še bolj znan pa je Jožef, mož Marije, Jezusove matere in tesar iz Nazareta. Priprošnjik za očetovstvo. God ima 19. marca.
Sveti Janez s kelihom (tudi Janez Evangelist) velja za pisca evangelija po Janezu. Pomeni »Bog je milostljiv«. Janez Evangelist je sin Zebedeja in Salome. Bil je ribič in Jezusov učenec, apostol. Napisal je četrti evangelij, tri pisma in Knjigo Razodetja. Njegov simbol je orel. Goduje 27. decembra.
Sveti Nikolaj, radodarni svetnik, je zaščitnik mornarjev in ribičev. Atributi: škofovski plašč in kapa, palica ter tri zlate krogle. Beseda Nikolaj izhaja iz grščine in pomeni »zmaga ljudstva v boju«. Je najbolj znan in priljubljen svetnik. Bil je škof v Miri v Mali Aziji. Velja za velikega dobrotnika in je zavetnik mornarjev. Je vremenski napovedovalec: »Če je na Miklavževo mrzlo, pravijo, da bo huda zima.« Goduje 6. decembra.
Na atiki leve in desne niše sta manjše velikosti starša Janeza Krstnika – sv. Zaharja in sv. Elizabeta.
Zaharija je svetopisemsko ime. Bil je Elizabetin mož in oče Janeza Krstnika. Opravljal je duhovniško službo. Ker ni verjel, da bo dobil sina, je onemel. Spregovoril je šele, ko je na deščico zapisal, da bo sinu ime Janez.
Elizabeta. Ime izhaja iz hebrejščine Elišeba. To pomeni »moj Bog je popolnost«, »moj Bog je prisega«. Šeba pomeni sveto število sedem, na katerega so prisegali. Sv. Zaharija in Sv. Elizabeta sta priprošnjika. God imata 5. novembra.
Na oltarni atiki na vrhu je velik križ.
Na osrednjem delu stoji pozlačen tabernakelj. Če primerjamo obliki tabernaklja in oltarnega nastavka, dobimo vtis, da gre za sorodni obliki, a v različnih velikostih in različnih materialih.
Na vratih tabernaklja je upodobljen Kristus, ki blagoslavlja.
Križanega Jezusa za tabernakeljski križ je izdelal Franc Ksaver Zajec (1871).
Ob tabernaklju stojita dva pozlačena angela adoranta.
V apsidi (9), nad oltarjem, so v treh freskah Mateja Sternena na zlatih poljih upodobljeni: Marija, Jezus in Janez Krstnik (1901), vsi z velikimi zlatimi svetniškimi siji – aureolami. Sternen je s stilizirano poslikavo želel doseči videz mozaika.
Nad vhodoma v zakristijo je Sternen naslikal tudi:
LEVA STENA: Matej Sternen, olje: Saloma prinaša Herodu Krstnikovo glavo, 1901, (10)
DESNA STENA: Matej Sternen, olje: Obisk Janeza Krstnika pri sv. Družini, 1901, (11)
