Zakristiji in arhivski prostori hranijo bogoslužne predmete, oblačila in zapise, obenem pa služijo kot prostori za pripravo na obrede ter za shranjevanje opreme, povezane z življenjem župnije.
V levi zakristiji (1) se nahaja oprema za vzdrževanje cerkve. V desni zakristiji (2) pa se nahajajo župnikovo mašno posodje, svečniki in sveče, mašni plašči in bandere, palica z likom Janeza Krstnika (Plečnik, 1934).
Bandere so naročili in plačali ljubljanski cehi v 19. stoletju (mali čolnarski, veliki čolnarski in ribiški ceh) ali pa jih je naročila trnovska cerkev sama. Med njimi sta Marijina bandera (izdelal Matija Koželj) in velika župnijska bandera z napisom:
Sv. Janez Krstnik, prosi za nas!
Znamenje kulturnega društva – J. Plečnik
Jože Plečnik
Med mašnim posodjem izstopa unikatno posodje Jožeta Plečnika: ciborij za hostije, kelih in patena. Poleg tega pa še Finžgarjev ciborij za hostije in skica za kelih iz leta 1934.
Drago Tršar
Mašno posodje Draga Tršarja vključuje pet kompletov porcelanskega posodja, vključno s kelihi in patenami, vrči za vino in vodo, posodicami za umivanje rok ter tremi svečniki z značilnimi figuralnimi motivi.
Arhivski prostori so v nadstropju. V njih so shranjeni artefakti, ki se ne uporabljajo redno, ampak jih občasno prenesejo v cerkev kot del opreme.
Božji grob (Tomaž Kržišnik, 1993)
Umetnik je ustvaril inštalacijo, ki združuje tradicijo slovenske poslikane keramike in kovanega železa z brušenim steklom. Želel je povezati duh časa s svojo umetnostjo in jo umestiti v cerkveni prostor kot funkcionalno in sodobno cerkveno delo. Kržišnik je želel, da bi ljudje v tem delu prepoznali Boga, ki ga nosijo s seboj.
Ostanki prvega božjega groba iz 1860. Naredilo ga je več avtorjev: slikarski del Ivan Wolf, leta 1925 je grob dopolnil Tone Kralj s kipom mrtvega Zveličarja, ležečega pod menzo.
France Kralj
Križani, mavčni odlitek.
Mala Terezika
Marija z angeli, mavčni odlitek
Jože Plečnik
Leseni lestenci (1) in lesene klopi (2) za veroučno učilnico (3), ki jo je Plečnik zaradi pomanjkanja prostora umestil na vzhodno emporo.
1
2
3